Am 15.Oktober 1958 wird der Fliegerhorst in einer feierlichen Zeremonie mit einer Flaggenparade an die neue deutsche Luftwaffe übergeben.
Im Juni 1959 wird mit der Aufstellung des Jagdgeschwaders (JG) 71 begonnen. Die Start- und Landebahn ist nach Osten hin auf 2080 Meter verlängert worden. Erster Kommodore des JG 71 wird Major Erich (Bubi) Hartmann. Mit 352 Luftsiegen im II.Weltkrieg der erfolgreichste Jagdflieger der Luftkriegsgeschichte. Ab Februar 1959 waren bereits die ersten Jagdflugzeuge North American F-86F (Lizenzbau Canadair als Sabre Mk 5/6) nach Ahlhorn geflogen worden.
Für den Such- und Rettungsdienst (SAR- Search And Rescue) standen 2 Hubschrauber Bristol 171 Sycamore bereit. Ein Flugabwehrraketenbataillon mit Boden – Luft Raketen Nike – Ajax ist ebenfalls auf dem Fliegerhorst stationiert.
Das Jagdgeschwader mit dem Traditionsnamen „Richthofen“ verlegt 1963 nach Wittmundhafen.
Mit Transportflugzeugen Nord - 2051 „Noratlas“ kommt dafür das Lufttransportgeschwader (LTG) 62 nach Ahlhorn. Kommodore ist Oberst Werner Guth.
Von Faßberg kommt im Januar 1964 die 3.Luftrettungs- und Verbindungsstaffel mit ihrem Staffelkapitän Major Rudolf Camphausen nach Ahlhorn. Diese Staffel hatte sich schon 1962 bei der Flutkatastrophe in Hamburg bewährt.
1971 wird das LTG 62 aufgelöst und die Transporter verlassen den Platz. Das Hubschraubertransportgeschwader (HTG) 64 aus Penzing/Landsberg verlegt nach Ahlhorn. Kommodore ist Oberst Johannes Naumann.
Zeitweise sind bis zu 100 Bell UH-1D auf dem Fliegerhorst zu Hause. Ein Teil der Hubschrauber ist Europaweit immer auf SAR- und Rettungszentren im Einsatz.
Ein Einsatz von vielen: Am 11.07.1975 werden 38 Kinder von den beiden SAR Hubschrauber des Kommandos Jever aus dem Wattenmeer gerettet.
Das Erdkampfflugzeug Fairchild
Repuplic A-10 „Thunderbolt II“
wird von der USAF Einheit
Detachment 3, 81. Tactical
Fighter Wing aus Bentwaters/
Woodbridge ab 1979
auch in Ahlhorn stationiert.
25 Jahre SAR Dienst wird im
Sommer 1984 mit einem "Tag
der offenen Tür" gefeiert
Sommer 1984 mit einen „Tag
der offenen Tür“ gefeiert.
Das Flugabwehrwaffensystem
„Nike“ wird durch das neue mobile
Waffensystem „Patriot“ ersetzt.
Während des 1. Golfkrieges 1991 wird der Fliegerhorst Ahlhorn zur Drehscheibe für den Lufttransport der am Golfkrieg beteiligten NATO Staaten. In diesem Jahr wird auch das 25jährige Bestehen des HTG 64, der 150.000 Rettungseinsatz und der 75jährige Geburtstag des Flugplatzes Ahlhorn gefeiert. Die Amerikaner verlassen mit ihren A-10 wieder den Fliegerhorst.
Ab April 1993 beginnt die Außerdienststellung des HTG 64 und endet im September mit einem feierlichen Appell. Eine Staffel, als Lufttransportgruppe LTG 62, führt weiter die Ausbildung durch und bleibt bis 1995 in Ahlhorn. Der militärische Flugbetrieb wird dann beendet.
Staffeln der Flugabwehrraketengruppe (FlaRakGrp) 25 werden auf dem Gelände zusammen gezogen. Hausherr auf dem Fliegerhorst ist nun die FlaRakGrp. 25. Fliegerhorstkommandant und Standortältester ist Major Rolf Schulte-Derne.
Der Luftfahrt-Verein Wildeshausen e.V. ist 1997 seit 25 Jahren mitbenutzter des Fliegerhorstes.
Mitte 2001 und 2002 wird der Fliegerhorst zum Flugplatz für Turbinen getriebene Modellflugzeuge. Diese Art der Fliegerei wird von vielen Zuschauern besucht und so finden auch 2003, 2004 und 2005 solche Veranstaltungen statt.
2005 begeht der Flugplatz seinen 90zigsten Geburtstag und gleichzeitig seine Außerdienststellung. Das wurde mit einer großen Modellflug Veranstaltung gewürdigt. Schirmherr war der Kommandeur 4./LwDiv. Generalmajor Peter Schelzig.
2005 ist die Aufgabe des Fliegerhorstes und damit ein Verkauf durch die Bundeswehr eine beschlossenen Sache. Das Bundesministerium der Verteidigung, vertreten durch die „g.e.b.b.“ (Gesellschaft für Entwicklung, Beschaffung und Betrieb mbH.) bietet den Fliegerhorst schon im Internet zum Verkauf an. Mit der „Flanke“ (Fliegerhorst Ahlhorn Nachnutzungsgesellschaft auf kommunaler Ebene GmbH) bemüht sich der Landkreis Oldenburg und die Gemeinde Großenkneten auch um eine weitere fliegerische Nutzung.
Die Firma „Aircraft Maintenance Services GmbH“ (AMS) wird gebildet. Sie sieht ihre Arbeit in der Wartung, Instandsetzung und Zerlegung von Verkehrsflugzeugen. Weitere Firmen mit Bezug zur Fliegerei aber auch Firmen, die aus dem Gelände einen Vergnügungspark machen wollen, melden sich.
Die Staffeln der FlaRakGrp. 25 waren schon zum Teil Aufgelöst oder zu anderen Standorten verlegt worden.
Ende August 2005 ist aber auch die Bundeswehr wieder auf dem Platz. Die Transporter „Transall“ nehmen Fallschirmspringer der Luftlandebrigade (LLBrg) 31 auf und setzen sie in Varrelbusch ab.
17.Oktober 2005: Das erste Verkehrsflugzeug für die AMS, ein Airbus A 300 B4, landet in Ahlhorn.
Am 15.Dezember 2005 um 1500 Uhr wird durch das Restkommando der FlaRakGrp. 25 die Bundesdienstflagge zum letzten Mal eingeholt. Der Fliegerhorst ist kein militärisches Gelände mehr.